Die Stuttgarter Staatsanwaltschaft wirft ihm Mitgliedschaft in einer kriminellen Vereinigung vor und hatte ihn zur Fahndung ausgeschrieben. B. soll Kämpfer für den Dschihad geworben haben. Auch die Bundesanwaltschaft ermittelt gegen B. wegen des Verdachts der Mitgliedschaft in einer terroristischen Vereinigung. Bereits 2004 hatte die Münchner Staatsanwaltschaft ein Ermittlungsverfahren unter anderem gegen ihn wegen des Verdachts der Bildung einer kriminellen Vereinigung und des Anwerbens von Kämpfern eröffnet die Ermittlungen gegen B. wurden jedoch eingestellt. Auch bei dem Verfahren gegen die Sauerland-Zelle stießen die Fahnder auf Peter B., mehr als lose Kontakte konnten ihm jedoch nicht nachgewiesen werden. Peter B. bestreitet die Vorwürfe und sagte dem "Spiegel", er habe nichts mit terroristischen Organisationen zu tun. Die Reise nach Waziristan sei eine Flucht gewesen, um dem Stuttgarter Haftbefehl zu entgehen und ein islamisches Leben mit seiner Frau und seinen drei Kindern führen zu können.
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